Zweite Byzantinerherrschaft — Blütezeit der Stadt (1263 - 1460)
Die Übergabe dieser drei Städte an die Byzantiner hatte einschneidende Veränderungen zur Folge, denn sie war der erste Schritt auf dem Weg der Rückeroberung Griechenlands. Für die Bevölkerung der Morea bedeutete das einen mehr als fünfzigjährigen Krieg, der das Land verwüstete, seine Reichtümer zerstörte und die Menschen ins Elend stürzte. Keine der beteiligten Parteien stand der anderen im Plündern und Blutvergießen nach. In dieser Zeit treten zum ersten Mal türkische Soldaten in Griechenland auf, und zwar als Söldner des byzantinischen Kaisers gegen die Franken. In Monemvasia erschienen sie bereits 1263, als sie auf kaiserlichen Befehl von genuesischen Schiffen dort an Land gesetzt wurden, um gegen die Franken vorzugehen.
Als Brückenkopf Konstantinopels in der fränkischen Morea war Monemvasia für den Kaiser besonders wertvoll. Michael VIII. war sich dessen bewusst: Unter seiner Herrschaft wurde Monemvasia zum Sitz eines orthodoxen Metropoliten erhoben, und seine Bewohner erhielten weitere Steuererleichterungen und Vorrechte. So erhielten z. B. monemvasiotische Kaufleute das Recht auf ungehinderten und steuerfreien Zugang zu den Märkten im byzantinischen Reiche — ein Privileg, das ihnen einen großen Vorteil vor anderen Kaufleuten verschaffte und ihre Konkurrenzfähigkeit sehr steigerte. Ein weiteres Beispiel für Privilegien, die den Vorteil Monemvasias vergrößerten, war das Recht, alle Geldstrafen, die gegen Bürger der Stadt verhängt wurden, zum Ausbau der Verteidigungsanlagen Monemvasias zu verwenden. Diese Beispiele ließen sich um zahlreiche andere vermehren.
Während sich das byzantinische Kaisertum in immer stärkerem Maße wieder in der Morea ausbreitete und die fränkischen Ritter in immer größere Bedrängnis gerieten, konnten die Bewohner Monemvasias ungestört ihren Gewerben nachgehen und Handel treiben. Mistra wurde Hauptstadt eines byzantinischen Despotats auf der Morea, das von einem Verwandten des byzantinischen Kaisers, meistens von seinem Bruder, regiert wurde. Hier entwickelte sich das neben Konstantinopel bedeutsamste Zentrum byzantinischer Kunst und Kultur. Monemvasia war die wichtigste Hafenstadt dieses Despotats und wusste sich als solche zahlreiche Sonderrechte für seine Bürger zu sichern. Notfalls, wie durch historisch gesicherte Beispiele belegt, schreckten die monemvasiotischen Archonten und auch der orthodoxe Klerus nicht davor zurück, Freibriefe und Urkunden zu fälschen und sie bei einem Thronwechsel dem neuen Herrscher zu präsentieren, um von ihm die Bestätigung dieser vorgeblich alten Privilegien zu erhalten. Kaiser Andronikos II. Paläologos (1282 - 1328), der große Freund und Förderer Monemvasias, erließ sogar eine "Goldene Bulle", in der ausdrücklich Besitztümer, Rechte und Freiheiten Monemvasias und seines Metropoliten bestätigt werden (1301) und in der er sich bewundernd über die Stadt, ihren Reichtum, die Tüchtigkeit und Tapferkeit ihrer Bewohner und ihre Treue zum Kaiserhaus ausspricht.
Das 14. Jahrhundert, das auf der Morea eine relative politische Stabilität unter der Herrschaft der Despoten von Mistra brachte, bedeutete für Monemvasia die Zeit seiner höchsten Blüte. Der Wohlstand der Bürger gedieh, und die Stadt hatte auch Anteil am kulturellen Aufschwung, der vom byzantinischen Hof in Mistra ausging. Dort nahm der Neu-Platonismus seinen Ausgang, der durch die Vermittlung von Georgios Plethon auch in Westeuropa Eingang fand. Aber auch die Bewohner Monemvasias waren berühmt für ihre Bildung. Die mehr als vierzig Kirchen und Klöster in der Stadt hatten einen zahlreichen Klerus versammelt, der der Bedeutung Monemvasias als Sitz eines Metropoliten Rechnung trug. Es gab Schulen und reich ausgestattete Bibliotheken, von denen die bedeutendste der Familie Likinios gehörte. Von diesen Schätzen ist in der Stadt nichts erhalten geblieben, und das heutige Monemvasia lässt nur noch wenig von dieser früheren Blüte ahnen.
Monemvasia blieb bis 1460 in griechischem Besitz. Noch im Jahre 1450 wird es von Demetrios Paläologos, dem letzten Despoten von Mistra, als eine der wichtigsten und nützlichsten Städte unter seiner Herrschaft bezeichnet. Aber der drohende Untergang des byzantinischen Reiches drohte auch Monemvasia in Mitleidenschaft zu ziehen. Die Konsequenz, die die monemvasiotischen Archonten aus dieser Situation zogen, war der Versuch, die Unabhängigkeit und Selbständigkeit der Stadt selbst zu schützen. Schon in vorhergehenden Jahrzehnten, als die Unfähigkeit der korrupten, in Intrigen und Bürgerkriegen sich verzehrenden byzantinischen Herrschaft immer deutlicher wurde, hatten die Archonten begonnen, die um den Besitz Griechenlands rivalisierenden Mächte gegeneinander auszuspielen: Sowohl durch den Anschein einer Anlehnung an Venedig, als auch durch Anrufung des türkischen Sultans, der den Archonten Pavlos Mamonas mit Waffengewalt gegen den Willen des Despoten Theodor von Mistra wieder in seine Rechte einsetzte. Anlässlich dieses Ereignisses (1394 oder 1395) hatte Monemvasia zum ersten Mal eine türkische Besatzung in seinen Mauern. Nach dem Fall von Konstantinopel im Jahre 1453 und der endgültigen Zerschlagung des Despotats von Mistra sah sich die Stadt ganz auf sich gestellt. Zwar hatte sich der letzte Despot, Demetrios Paläologos, mit seiner Familie nach Monemvasia geflüchtet, als sich aber 1460 das türkische Heer der Stadt näherte, floh er und überließ seine Familie und die Bewohner Monemvasias ihrem Schicksal. Auf Aufforderung von Demetrios, der inzwischen Gefangener des Sultans geworden war, lieferten die Monemvasioten zwar Demetrios' Frau und Tochter an die Türken aus, teilten ihnen aber gleichzeitig mit, sie sollten sich "nicht mit frevlerischen Händen an einer Stadt vergreifen, die Gott unbesiegbar" gemacht habe. Den türkischen Befehlshaber beeindruckte diese stolze Haltung — und wohl auch die Stärke der Befestigungsanlagen —, und er zog sein Heer ab.
