I nuovi dominatori della Grecia — Monemvasia sotto i Turchi (1540 — 1690)
Il 2 ottobre 1540 il castello e la città di Monemvasia furono consegnati ai Turchi. Con questa data comincia una nuova epoca nella movimentata storia della città. Il podestà e la guarnigione veneziana lasciarono Monemvasia portandosi via i cannoni e le campane.
La cittadinanza si trovò di fronte ad una difficile scelta; in base al trattato di pace infatti i cittadini avevano la facoltà di abbandonare la città con i Veneziani ovvero di diventare sudditi del sultano turco. Molte famiglie, tra le quali alcuni dei vecchi casati aristocratici, decisero di lasciare la patria e di stabilirsi a Creta, Corfù o in altri possedimenti veneziani. Fu così che la celebre icona della Madonna di Monemvasia fu portata a Zacinto, un'isola della costa occidentale della Grecia. Molti di questi emigranti abbandonarono però la patria solo per breve tempo, preferendo poi tornare a vivere, anche sotto la sovranità turca, a Monemvasia che, con i nuovi signori, di nuovo cambiò nome. Invece di Monemvasia sotto i Bizantini e Napoli di Malvasia sotto i Veneziani, si chiamò adesso sotto i Turchi "Menefsce" o "Meneksce", la "città dei ciclamini". Sia gli innumerevoli ciclamini che alla fine dell'estate ricoprono l'altopiano della rupe, che il colore della rupe stessa sul tardo pomeriggio sono una spiegazione di questo nome poetico.
Nell'epoca che ora inizia non abbiamo che poche notizie della superba città e dei suoi abitanti, ma ciò non dipende dal fatto, come vogliono far credere molti storiografi occidentali di tendenza filellenica, che essa oramai non avesse più storia, ma piuttosto dal fatto che fonti e documenti turchi sono per noi assai meno facilmente accessibili di quelli italiani o greci. Le epigrafi testimoniano che anche durante la prima dominazione turca importanti personalità della cultura e della scienza vissero nella città, come ad esempio l'inventore Mohammed Ben Gassan che nel 1602 soggiornò ed operò a Monemvasia. La piazzaforte non aveva perso nulla della sua importanza strategica, come risulta per esempio dal fatto che nel 1554 l'ordine di San Giovanni, sotto la guida del Gran Maestro La Valetta, intraprese notevoli sforzi per strapparla ai Turchi. Anche i Sangiovanniti, come tanti altri in passato, dovettero ritirarsi senza successo.
Interessante in questa circostanza è che la popolazione di Monemvasia, a quanto pare, non fece alcun tentativo per unirsi agli assedianti cristiani onde farsi liberare. I Monemvasioti avevano oramai fatto la conoscenza dei nuovi padroni, dei Turchi, tolleranti in questioni religiose e il cui sistema fiscale, almeno in quel periodo, non era ritenuto pesante. Anche il ricordo del breve periodo di sovranità pontificia può aver indotto i cittadini a non appoggiarsi all'ordine religioso cattolico.
Anche il Seicento vide numerosi tentativi di riconquistare Monemvasia. Nel 1653, 1654, 1655, e 1687 navi e truppe veneziane fecero a loro comparsa dinnanzi alla città. Esse vennero respinte, alle volte dai soli cittadini senza appoggio dei Turchi. Evidentemente l'affetto dei Monemvasioti per i loro precedenti padroni veneziani non deve essere stato molto grande. Inoltre, i continui assedi, i danni arrecati e i tentativi di affamare i difensori non erano certo atti a creare un'opinione pubblica propensa ai Veneziani.