La deuxième période byzantine — L'âge d'or de Monemvassia (1263 - 1460)
L'abandon par les Francs de Maïna, Mistra et Monemvassia constitua le premier pas vers le retour de toute la Grèce à Byzance. Pour Morée, la reconquête signifia une guerre de quelque 50 années, qui dévasta la région, détruisit ses ressources et dépouilla ses habitants. Les combattants furent tous également coupables de pillage et de carnage. C'est au cours de cette période que les premiers soldats turcs firent leur apparition en Grèce, combattant en mercenaires à la solde de l'empereur byzantin contre les Francs. Les Turcs arrivèrent à Monemvassia en 1263, à bord de navires génois placés sous les ordres de l'empereur pour combattre les Francs.
Tête de pont byzantine en Morée franque, Monemvassia était particulièrement précieuse pour l'empereur de Constantinople. Sous Michel VIII, la ville devint le siège d'une église métropolitaine orthodoxe. L'empereur accorda aussi aux résidents des réductions d'impôts et autres privilèges. Les marchands de la cité, par exemple, obtinrent un droit d'accès total et gratuit aux marchés de l'empire byzantin; c'était leur donner un avantage notoire sur leurs concurrents. Autre privilège important, le produit de toutes les amendes perçues sur des citoyens de Monemvassia pouvait être consacré au perfectionnement des défenses de la ville. Et ce ne sont là que quelques-uns des nombreux avantages dont Monemvassia bénéficiait.
Tandis que les empereurs byzantins étendaient leur influence dans Morée, accroissant sans cesse leur pression contre les chevaliers francs, les résidents de Monemvassia vaguaient à leurs affaires. Mistra devint la capitale d'un despotat byzantin sur Morée, gouverné par un parent de l'empereur, habituellement son frère. Mistra se transforma en l'un des centres culturels et artistiques les plus importants après Constantinople. Monemvassia, principal port de mer du despotat, put obtenir de nombreux droits spéciaux pour ses habitants. Il est prouvé que, s'il le fallait, les archontes et le clergé orthodoxe de Monemvassia n'hésitaient pas à forger chartes et documents. Ils présentaient ceux-ci à nouvel empereur fraîchement sacré, afin qu'il confirmât leurs «anciens» privilèges. L'empereur Andronic II Paléologue (1282 - 1328), grand ami et patron de Monemvassia, promulgua la «Bulle d'or» (Chrysobullo), par laquelle il confirmait formellement les droits, possessions et privilèges de Monemvassia et du métropolite (1301). Dans le même document, il louait la santé de la ville, l'excellence et la bravoure de ses résidents, et leur fidélité à la maison impériale.
Sous le règne du despote de Mistra, le quatorzième siècle ne fut pas seulement une période de relative stabilité politique pour Morée; Ce fut aussi l'âge d'or de Monemvassia. Les citoyens prospéraient et la cité elle-même prît part au renouveau culturel qui émanait de la cour byzantine de Mistra. C'est de Mistra que vint l'élan de la renaissance néo-platonicienne, qui s'étendit à l'Europe occidentale grâce aux œuvres de Gemistus Pletho. Les résidents de Monemvassia étaient aussi connus pour leur savoir. Résidence d'un métropolite, Monemvassia comptait plus de 40 églises et cloîtres et de nombreux ecclésiastiques. On y trouvait aussi des écoles et de grandes bibliothèques, dont la plus célèbre appartenait à la famille Likinios. Monemvassia n'a conservé aucun de ces trésors; elle ne porte aujourd'hui que des traces de ce glorieux passé.
Monemvassia demeura sous contrôle grec jusqu'en 1460. En 1450, Démétrius Paléologue, dernier despote de Mistra, décrit la cité comme l'une des communautés les plus importantes et utiles de son domaine. Mais le déclin imminent de l'empire byzantin menaçait aussi Monemvassia. Les archontes conclurent qu'ils leur faudrait défendre eux-mêmes leur indépendance et leur autonomie. Des décennies durant, les souverains corrompus de Byzance s'étaient épuisés en intrigues et guerres civiles, tandis que leur impéritie devenait sans cesse plus manifeste. De surcroît, des puissances rivales se battaient pour s'assurer le contrôle de la Grèce. Dans ces circonstances, les archontes de Monemvassia tentèrent de jouer les unes contre les autres. Ainsi essayèrent-ils d'apparaître comme les alliés de Venise, tandis qu'au même moment ils en appelaient au sultan turc qui, par la force, avait remis au pouvoir l'archonte Pavlos Mamonas, contre les voeux de Théodore, despote de Mistra. A cette occasion (1394 ou 1395), Monemvassia eut pour la première fois dans ses murs une garnison turque. Après la chute de Constantinople (1453), et la destruction finale du despotat de Mistra, la cité fut entièrement livrée à elle-même. Mieux encore, c'est à Monemvassia que le dernier despote, Démétrius Paléologue, se réfugia avec sa famille. Mais en 1460, à l'approche de l'armée turque, il prit la fuite, abandonnant et sa famille et la cité à leur sort. Fait prisonnier par le sultan, Démétrius demanda à Monemvassia de livrer sa femme et sa fille aux Turcs. Ce que fit Monemvassia, mais non sans saisir l'occasion pour prévenir les Turcs que mal leur en prendrait s'ils osaient «toucher à la cité que Dieu a faite invincible». Cette fière attitude, jointe à la solidité des fortifications de la ville, fit impression sur le commandant turc, qui retira son armée.